У Джиллиан Андерсон трое детей: дочь Пайпер Мару Клотц (25.09.94) от её второго брака с Клайдом Клотцом; сыновья - Оскар Гриффитс (01.11.06) и Феликс Гриффитс (15.10.08) от её гражданского брака с Марком Гриффитсом.
Настоящую популярность и славу Андерсон приобрела после выхода первых серий Секретных Материалов, осенью 1993 года.
В детстве Джиллиан мечтала стать биологом.
Озвучивала бортовой компьютер корабля в игре 1996 года Hellbender.
В старших классах ее называли «Клоун класса» и «Самая чудаковатая девушка».
Полное имя: Джиллиан Ли Андерсон.
25 сентября 1994 Джиллиан родила дочку Пайпер.
В 1994 году вышла замуж за Клайда Клотца на семнадцатой лунке площадки для игры в гольф на Гавайях при участии буддистского священника. (Развелась в 1997 году).
Джиллиан родилась в семье Эдварда и Розмари Андерсон.
Коллекционирует произведения искусства. В ее коллекции есть работы Дианы Арбус, Франческо Клементе и Кики Смит.
Создатель Секретных материалов Крис Картер стал крёстным отцом дочери Андерсон.