Киллиан — старший из четверых детей (имеет брата и двух сестер) в семье педагогов: его отец, Брендан, работает инспектором в Ирландском Департаменте образования, а мать преподает французский язык в школе.
Будущий актер играл на гитаре в несуществующей сейчас группе Sons of Mr. Greengenes.
В колледже Киллиан Мёрфи изучал право.
Он говорит по-французски.
Закончив колледж, Киллиан поступил в Университет Корка на юридический факультет, где вскоре стал играть в студенческом театре. Сначала актёрская игра была для Киллиана только средством развлечения и способом убить время в выходные дни, но потом она увлекала молодого человека всё больше, пока Киллиан не решил, что быть актёром гораздо интереснее, чем адвокатом.
У Киллиана два сына - Малаки (декабрь 2005) и Аарон (июль 2007).