Родители развелись, когда Дэвиду было 11 лет. Брат — Дэниел, сестра — Лори.
25 января 2016 года Дэвид Духовны был удостоен именной звезды на Голливудской «Аллее славы».
Из-за травмы головы баскетбольным мячом почти не видит одним глазом, поэтому носит корректирующие линзы.
15 июня 2002 года в семье актёра родился сын - Кид Миллер.
Учился в Принстонском университете на факультете педагогики. Затем поступил в аспирантуру в Йельском университете, где стал магистром английской литературы и готовился защитить диссертацию на степень доктора философии по теме «Магия и технология в современной поэзии и прозе».
24 апреля 1999 года у Дэвида Духовны и Теа Леони родился первенец - дочь Маделайне Уэст Духовны.
Полное имя - Дэвид Уильям Духовны.
Актерская карьера Дэвида началась с рекламы пива.
Дэвид впервые женился в мае 1997 года, в возрасте 37 лет по страстной любви. Дэвид Духовны и актриса Теа Леони обвенчались в часовне при школе, в которой много лет преподавала мать Дэвида.
Фамилия отца Дэвида была не «Duchovny», а «Duchowny», он изменил ее когда иммигрировал в США.
Его кинодебютом стала маленькая роль в фильме «Деловая женщина» (1988).
Его отец, Амрам Дуковны (1927—2003), уроженец Бруклина из семьи еврейских иммигрантов из Украины и Польши. А мать - шотландка.