В возрасте десяти лет остался круглым сиротой, его воспитывали дядя и тётя.
На 71-й церемонии награждения «Оскаром», после показа видео-нарезки в память об ушедших за последний год из жизни кинематографистах (Джина Сискела там не было, так как он не являлся членом Академии), ведущая Вупи Голдберг произнесла: «Джин, дорогой, где бы ты ни был, это — тебе» и показала всеми уже узнаваемый жест — «большой палец вверх» под бурные аплодисменты присутствующих.
В 1975 году познакомился с кинокритиком Роджером Эбертом, они стали близкими друзьями.
Любимым фильмом Сискела была «Лихорадка субботнего вечера», которую он посмотрел не менее 17 раз и даже купил себе на аукционе белый диско-костюм главного героя.