В своей автобиографии Фонда рассказывал, как однажды стал свидетелем линчевания. В то время его отец владел полиграфической мастерской и из окна второго этажа четырнадцатилетний Генри Фонда стал наблюдателем происходящего. «Это было самое ужасное зрелище в моей жизни. Мы закрыли мастерскую, спустились вниз и поехали домой в молчании. Мои руки были влажные, на глазах стояли слёзы. Всё, о чём я мог думать — это тот чернокожий парень, болтающийся на верёвке». Юный Фонда на всю жизнь запомнил этот момент и ярость, которую он испытал. В своей взрослой жизни он постоянно пытался менять предрассудки общества, высказывая своё мнение устами киногероев. Среди лучших картин Фонды, есть, по крайней мере, два фильма, в которых линчевание стало основой сюжета — это «Молодой мистер Линкольн» и «Странный инцидент».
Его внуки - актриса Бриджет Фонда (Bridget Fonda), Джастин Фонда (Justin Fonda), Ванесса Вадим (Vanessa Vadim) и актёр и продюссер Трой Гэрити (Troy Garity).
Полное имя - Генри Джейнс Фонда (Henry Jaynes Fonda).
Его семья была последовательницей Церкви Христа, или сайентологов. Они были хорошей, дружной семьёй, обладали хорошим здоровьем, и избегали врачей из-за своих религиозных убеждений. В детстве Генри Фонда был активным членом движения Бойскаутов и стал вожатым отряда. Он увлекался живописью, был хорошим пловцом, бегуном и конькобежцем. Он был стеснительным юношей невысокого роста. Со школьных лет работал на предприятии своего отца, думая о возможной карьере журналиста.
Его дети - актёр Питер Фонда (Peter Fonda), актриса и писательница Джейн Фонда (Jane Fonda) и приёмная дочь - Эми.
Служил на флоте США во время Второй мировой войны.