Фильм снят по мотивам романа Роберта Лэдлума «Ультиматум Борна» (The Bourne Ultimatum, 1990).
Начало фильма, а именно где Борн находится в Москве, снимали на самом деле в Берлине.
Съемочная группа фильма насчитывала 250 человек, так что при перелетах приходилось фрахтовать отдельный самолет.
Чтобы снять погоню на улицах Танжера, камеры подвесили на кабель, протянутый над крышами домов.
Во время драки Борна со спецагентом Дешем Буксади в душевой в одном из домов в Танжире (Марокко) вначале показывают, что маленький умывальник (раковина) срывается и падает, оголяя сточную трубу. По окончании драки Борн обыскивает тело, и крупным планом показывают умывальник, снова висящий на стене.
В финальном диалоге с доктором Альбертом Хиршем оружие в руках Борна после флешбека меняется с пистолета марки Глок на пистолет марки Зиг Зауэр.