Съёмки фильма проходили по большей части в Казахстане и Китае. В Китае они были организованы во Внутренней Монголии. Это автономный район на севере КНР, в котором проживает больше монголов, чем в самой Монголии.
Режиссёр фильма Сергей Бодров и художник Даши Намдаков специально испрашивали у верховного шамана Монголии в столице страны Улан-Баторе разрешения снять фильм о Чингисхане. Тот ответил, что о съёмках такого фильма говорили многие, однако они стали первыми, кто обратился к нему за разрешением.
Съёмки фильма заняли 14 месяцев. Над фильмом работало 400 человек (300 из Китая и 100 из России). В массовках было задействовано свыше 1 500 статистов. Из-за участия в проекте представителей стольких национальностей (немцы, монголы, китайцы, японцы, русские, украинцы, казахи) на съёмочной площадке постоянно присутствовала команда из 30 переводчиков.
Эпиграфом к фильму служит монгольская пословица «Не презирай слабого детёныша, он может оказаться сыном тигра».