Сирша Ронан рассматривалась на роль Ванды Максимофф.
Фильм был назван в честь серии комиксов Marvel «Эра Альтрона» 2013-го года. Однако Кевин Файги рассказал, что конкретно этот комикс не будет использоваться в качестве сюжетной линии.
Джосс Уидон описал этот фильм так: «Он меньше. Более личный. В нём больше боли. Будут показаны новые события, которые должны произойти с героями, а не просто переигровка того, что было в первой части. Основная тема фильма будет абсолютно новой».
При создании «Мстители: Эра Альтрона» Джосс Уидон черпал вдохновение из фильмов «Крестный отец 2» (1974) и «Звездные войны: Эпизод 5 – Империя наносит ответный удар» (1980).