Первоначальный вариант сценария описывал судьбу гуманистов, освобождающих животных из клеток.
Пингвины, так сильно полюбившиеся многим зрителям, попали в проект совершенно случайно. Дело в том, что второй режиссер мультфильма Эрик Дарнелл придумал их гораздо раньше — при создании так и не вышедшего мультфильма «Rockumentary», повествующего о судьбе рок-коллектива, созданного из пингвинов. Включившись в работу над «Мадагаскаром», Эрик пропихнул свою идею в сюжетную линию мультфильма. Таким образом, пингвины переквалифицировались из рок-музыкантов в ретивых коммандос.
На получение роли Глории претендовали Мадонна, Дженнифер Лопез и Гвен Стефани. В конечном итоге роль досталась Джаде Пинкетт Смит.
В ходе выбора композитора проекта произошла рокировка: вместо Гарри Грегсона-Уильямса в проект пришел Ханс Циммер. Любопытно, что в ходе работы над фильмом «Царство небесное» (2005) произошла обратная замена: вместо Ханса композитором стал Гарри.
Когда Алекс, Марти, Глория и Мелман сидят в ящиках, в которых их перевозят, в ящики попадает свет через верхние отверстия. Ошибка в том, что в ящик Глории свет также попадает через верхние отверстия, хотя это невозможно, т.к. над ней находятся ящики Алекса и Марти.