Поначалу сериал не имеет связи с прежними элементами франшизы «Лило и Стич». Только в серии «Лило» третьего сезона (где повзрослевшая Лило появляется с дочерью, которая выглядит точь-в-точь, как она сама в детстве) становится известно, что события аниме-сериала происходят через какое-то количество лет после показанного в мультфильме «Лерой и Стич» (2006), который является концовкой мультсериала «Лило и Стич» (2003-2006).