Первоначально этот фильм был запланирован к выходу 29 июня 2012 года. В феврале студия Paramount начала большую кампанию с дорогостоящей рекламой во время Супербоула. Но в мае 2012 года было объявлено, что дата выхода фильма переносится на 29 марта 2013 года с целью добавления 3D-эффектов. Позже выяснилось, что реальная причина задержки была в том, чтобы переснять сцены с Ченнингом Татумом. Тестовая аудитория желала больше сцен с Татумом и Дуэйном Джонсоном, к тому же после успеха фильмов «Клятва» (2012) и «Мачо и ботан» (2012) Татум неожиданно стал звездой, обеспечивающей кассовые сборы.
22 ноября произошел несчастный случай, который унес жизнь сотрудника съемочной группы. Майк Хабер работал на подъемнике, который опрокинулся, что и стало причиной гибели мужчины.
Первоначальным названием фильма было G.I. Joe: Cobra Strikes («G. I. Joe: Удар кобры»).
У командира группировки «Кобра» изменился вид шлема с последнего фильма. Теперь он стал больше похож на командира из оригинального сериала «Джо-солдат» (1985—1986).
Тюрьма, расположенная в бывшей Восточной Германии, называется Einsargen. Это слово является глаголом, а не существительным. Оно обозначает «положить в гроб».
В сцене в тюрьме предупреждающий знак гласит: «Baustelle! Betreten der Einfahrt verboten!» Это означает выражение «Стройплощадка! Не входить в ворота/вход». Это нелепица, потому что тюрьма не является стройплощадкой.
Знак остановки в тюрьме гласит «Halt» и должен читаться как «Стоп» (даже просто «Halt» редко используется на знаках в Германии). В немецком языке слово «halt» имеет разные значения. Например, «он что-то держит». Но слово никак не связано с указателем остановки для автомобиля.
В сцене, где герои покидают горный монастырь, одни и те же кадры падения красного ниндзя используются для двух разных персонажей.