Продюсеры Уолтер Хилл и Дэвид Гайлер присоединились к Ридли Скотту впервые за последние 30 лет, с момента их первого сотрудничества, когда они работали над фильмом «Чужой» (1979).
На роль доктора Элизабет Шоу рассматривались Джемма Артертон, Кэри Маллиган, Оливия Уайлд, Энн Хэтэуэй, Эбби Корниш и Натали Портман.
Роль Чарли Холлоуэя могла достаться Джеймсу Франко.
Изначально, фильм должен был стать приквелом фильма «Чужой» (1979), режиссером которого также является Ридли Скотт. Но им же было принято решение сделать «Прометей» оригинальным фильмом с Нуми Рапас (она ещё тогда была заявлена на роль), которая в итоге стала исполнительницей одной из пяти главных ролей. Спустя время было утверждено, что, несмотря на то, что действие фильма будет происходить в той же вселенной, что и «Чужой» (1979) и во многом ссылаться на него, фактически это будет оригинальный фильм, не являющийся прямым приквелом.
Скафандры экипажа Прометея сделаны очень странным образом: они могут выдержать свирепую песчаную бурю и на них не остается даже царапины, но они легко рвутся, когда несчастный астронавт ломает руку или когда от удара разбивается шлем.
Когда Шоу выходит из спасательной капсулы на ней надет шлем, но нет перчаток. В следующем кадре она в перчатках.
После того как на шлем Холлоуэйя попадает кровь «Чужого», она расплавляет пластик и капает ему на лицо оставляя огромный отпечаток. Позже, когда остальные члены команды выходят из корабля, чтобы спасти его, у него лишь небольшая пробоина в шлеме.
Момент, когда доктор Шоу хватает топор, происходит мгновенно, от кадра снятого из-за нее, к кадру перед ней.