Режиссёру Георгию Данелия очень нравилась актёрская игра Борислава Брондукова, поэтому, когда он писал сценарий к фильму «Кин-дза-дза», он придумал роль специально для этого артиста. Однако, когда начались съёмки фильма, Брондуков перенёс инсульт и не мог сниматься. В результате герой, которого должен был исполнять Брондуков, был вообще ликвидирован из сценария.
Когда фильм был почти снят, к власти в СССР пришёл К. У. Черненко. Чтобы фильм не запретили, Данелия и Габриадзе решили переозвучить слово «Ку», которое совпадало с инициалами генерального секретаря ЦК КПСС, на какое-нибудь другое слово. Стали думать. Выдвигались варианты «Ка», «Ко», «Кы» и др. Пока думали, Черненко не стало. Так слово «Ку» осталось в фильме.
По сценарию Скрипач вёз не уксус, а чачу. Так, на Альфу вместо Земли герои в сценарии попали из-за того, что перепились и промахнулись. Когда фильм уже был снят, как раз развернулась антиалкогольная кампания и чачу заменили на уксус.
Песня «Мама, мама, что мы будем делать» звучит в начале и в конце фильма из телевизора в квартире дяди Вовы, по которому демонстрируется сцена из художественного фильма «Котовский» (1942). В этой сцене белогвардейские офицеры во время гражданской войны сидят в ресторане занятой ими Одессы и смотрят зажигательное выступление певицы, исполняющей эстрадные куплеты о весёлой и разгульной жизни одесситок («Одесситка — вот она какая, / Одесситка — пылкая, живая! / Одесситка пляшет и поёт, / Поцелуи раздаёт / Тем, кто весело живёт!»). В качестве припева к этим куплетам, мужской хор несколько раз исполняет отрывок из фольклорной песни беспризорников («Мама, мама, что мы будем делать, / Когда настанут зимни холода? / У тебя нет тёплого платочка, / У меня нет зимнего пальта!»). Композитором фильма «Котовский», согласно титрам, являлся Сергей Прокофьев. В ходе фильма дядя Вова играет на скрипке другую, более простую мелодию, предположительно, взятую из «Колыбельной» композитора И. Филиппа (Публиковалась в «Школе игры на фортепиано» под редакцией А. Николаева).