Фильм снят по мотивам романа Роберта Ладлэма «Превосходство Борна» (The Bourne Supremacy, 1986).
Брайан Хелгеленд доводил сценарий до ума, однако его имя не упоминается в титрах.
Для того чтобы достичь эффекта документального кино, подавляющая часть фильма была снята ручными камерами. Режиссер также постарался избежать использования компьютерной графики. Поэтому практически все трюки в фильме выполнялись вживую, без применения спецэффектов.
Различные приспособления, которые использует Борн на протяжении фильма, существуют на самом деле, и большинство из них можно купить в обычных магазинах.
При задержании киллер показывает милиции белую карточку, удостоверяющую его как сотрудника ФСБ, — ни на удостоверение сотрудника ФСБ, ни на спецталон, ни на разрешение на ношение оружия эта штука не похожа.
В Москве раненый Борн заходит в какую-то большую палатку, названную супермаркетом, а выходит из старого многоэтажного здания.
В сцене с секретными документами, доказывающими хищение 20 млн. долларов в 1990-х годах и раскрывающими шпиона, показан «Журнал боевых действий 5 Ударной Армии» за апрель 1945 года.
По приезде в Москву из Берлина Джейсон Борн берёт такси, и мы видим, как он отъезжает от Киевского вокзала. На самом деле все поезда Берлин — Москва прибывают на Белорусский вокзал.