Сценарную заявку к фильму «Война» Алексей Балабанов написал в 1998 году, когда увидел по телевизору отрубленные головы английских специалистов, работавших в Чечне.
Балабанов стремился снять фильм предельно реальный — до натурализма. Перед съёмками, он беседовал с бывшими пленными, путешествовал по Кабардино-Балкарии, встречался с командующим войсками в Чечне генералом Виктором Казанцевым, просматривал видеокассеты с хроникой. Некоторые из этих плёнок он продемонстрировал английскому актеру Иэну Келли. По словам Балабанова, во время показа англичанина трясло.
Фильм снимался в Кабардино-Балкарии, Северной Осетии, Чечне, Москве, Санкт-Петербурге, Тобольске и Лондоне.
Для большей реальности многих чеченцев в фильме играют настоящие чеченцы, а федералов — настоящие солдаты, вертолетчики, разведчики-контрактники.