Съемки начались в 2000 году и закончились в 2006 году. С тех пор, Алексей Герман работал в основном над звуком. К сожалению, он умер в феврале 2013 года, не успев доработать звуковую составляющую.
Натурные съемки начались весной 2000 года в Чехии. В окрестностях замка Точник был построен Арканар. Павильонные съемки проходили в Санкт-Петербурге.
Режиссер решил снимать «Трудно быть богом» еще в 1968 году, через 4 года после выхода книги. Вместе с Борисом Стругацким они написали первый вариант сценария. В августе Герман получил разрешение на съёмки, но вскоре началась операция «Дунай» — вторжение в Чехословакию войск СССР и других стран Варшавского договора, поэтому режиссеру не разрешили снимать фильм. Производство картины затянулось по причине трудностей с финансированием и сложности озвучания.
21 февраля 2013 года Алексей Герман скончался, так и не успев закончить фильм. Завершали работу над картиной его сын, Алексей Герман мл., и Светлана Кармалита.