Большую часть фильма черепашки-ниндзя не используют своё оружие, так как родители юных зрителей первой части были недовольны чрезмерным количеством насилия на экране.
Продюсерам понравилась актёрская игра Эрни Рейеса мл., который в первом фильме играл Донателло в боевых сценах, поэтому они написали для него отдельную роль союзника Черепашек-ниндзя Кено.
Создатели черепашек-ниндзя Кевин Истмэн и Питер Лэрд были против появления в этом фильме Бибопа и Рокстеди, злодеев из мультсериала 1987 года, так как считали их глупыми и раздражающими. По этой причине создатели придумали новых персонажей-мутантов — Токку и Разара. По словам продюсера a href="/name/114237/" class="all">Томаса К. Грэя, появление новых персонажей было выгодно с точки зрения бизнеса — так создатели фильма могли претендовать на отчисления за последующее использование этих персонажей.
Съёмки проходили на киностудии в Северной Каролине, где были воссозданы части канализации и крыш на основе фотографий Нью-Йорка.