«Дело №39» стало голливудским дебютом режиссёра Альварта.
Самой сложной на стадии пре-производства картины для создателей оказалась задача найти исполнительницу на роль антагониста Зеллвегер — маленькой девочки по имени Лилит. После продолжительных кастингов в Канаде выбор пал на Джоделль Ферланд.
Съёмки фильма начались в Ванкувере 8 сентября 2006 года и продолжались до начала ноября.
В августе 2007 года в Лос-Анджелесе состоялись пересъёмки некоторых сцен, в том числе и финала картины. Участвовали Зеллвегер, Ферланд и МакШейн.