Непрекращающиеся дожди в Мексике стали причиной переноса релиза картины с 4 марта 2006 на 8 декабря 2006.
Из-за непредсказуемого климата Мексиканских лесов, дополнительной заботой съемочной команды была охрана цифрового оборудования от внезапных дождей. В случае же сильной жары, оно оборачивалось в специальные одеяла, способные отражать высокую температуру. Приходилось даже прикреплять термометры ко всем камерам. А во время съемки сцены на водопаде, они были помещены в специальные водозащитные сумки, разработанные Питом Романо.
Большая часть заметных ролей была разыграна потомками индейцев Майя, которые никогда в жизни до этого не снимались. Например, роль маленькой заболевшей девочки, которая проклинает охотников, отдали 7-летней жительнице деревни, которая сильно напоминает место, где жило племя Лапы Ягуара.
В трейлере «Апокалипсиса» можно заметить немало персонажей, которые так и не появились в самой картине.
На 78-й минуте фильма на экране происходит солнечное затмение. При солнечном затмении Луна обращена к Земле неосвещенной стороной (новолуние). На 98-й минуте фильма в кадре полнолуние. По ходу действия фильма между этими событиями проходит примерно 12 часов, (затмение было днем, полнолуние наступило ночью). На самом деле между новолунием и полнолунием должно пройти приблизительно две недели (половина синодического месяца — 14,765 суток).