Айс Кьюб согласился озвучивать муху-мутанта по имени Суперфлай, потому что ему понравилось имя и потому, что мультфильмы про черепашек-ниндзя он смотрит вместе с сыном.
Актёры озвучивали своих героев, работая все вместе, а не по отдельности, как это делается обычно. В звукозаписывающей студии одновременно находилось до семи актёров. Работа вместе позволяла актёрам как друг другу подыгрывать, так и импровизировать.
Изначально в сценарии присутствовал Шреддер, однако его было решено из сюжета вывести, так как режиссёру и сценаристу Джеффу Роу хотелось, чтобы главный антагонист был мутантом, который сопереживал бы черепашкам-ниндзя, чтобы ему было проще их совратить.
Изначально Суперфлай — главный злодей мультфильма — и Бакстер Стокман должны были быть одним и тем же персонажем; согласно первоначальной задумке Стокман в картине должен был мутировать в муху.