Фильм посвятили памяти Мако, который не дожил до премьеры фильма.
Это 4-й фильм о черепашках. Первые 3 фильма не имели компьютерной анимации, а были сделаны при помощи высоких кукольных технологий (аниматронные головы как часть костюма черепашки, мимикой кукловоды управляли дистанционно).
У Леонардо, Рафаэля и Донателло глаза карие, а у Микеланджело — голубые. Режиссёру мультфильма хотелось, чтобы Микеланджело выглядел моложе и безобиднее остальных.
За день до смерти номинированного на премию «Оскар» актёра Мако 21 июля 2006 года было объявлено, что на международном ежегодном фестивале Comic-Con в Сан-Диего Сплинтер будет говорить его голосом. Авторы фильма успели снять Мако практически во всех сценах фильма «Черепашки-ниндзя», где действовал его персонаж.